PEFC AURA est fondée sur le principe du consensus entre les différentes parties prenantes de la filière forêt-bois-papier de la région. Ainsi, l'Association s'organise en trois collèges ayant chacun, par le biais de ses membres, le même nombre de voix au sein du Conseil d'Administration (Administrateurs notifiés en gras ci-dessous) :
Collège 1 : Les producteurs
- Fransylva Auvergne-Rhône-Alpes : Fédération des forestiers privés d'Auvergne-Rhône-Alpes.
- CRPF Auvergne-Rhône-Alpes : Centre régional de la propriété forestière est l'organisme au service de la forêt privée.
- Communes forestières Auvergne-Rhône-Alpes : Fédération regroupant des communes ayant de la forêt publique sur leur territoire.
- ONF Auvergne-Rhône-Alpes : Office national des forêts gère, pour le compte des propriétaires publics (Etat, communes, collectivités, etc.), les forêts bénéficiant du régime forestier.
- UCFF, l'Union de la Coopération Forestière Française qui rassemble 19 coopératives forestières réparties sur tout le territoire national, représentée par COFORET et Unisylva, deux coopératives forestières présentes sur la région.
- Usylvain : réunit trois Associations Syndicales de Gestion Forestière (ASGF) de l'Ain
Collège 2: Les transformateurs
- FIBOIS Auvergne-Rhône-Alpes : Interprofession de la filière forêt-bois de la région.
- Syndicat des scieurs de Rhône-Alpes
- Fibre Excellence Tarascon : Usine de pâte à papier
- Compagnie de Chauffage de Grenoble
- MCD SAMSE : Groupe de distribution de matériaux
- Groupement des ETF de la Loire
- Entrepreneurs des Territoires Rhône-Alpes
Collège 3: Les usagers de la forêt
- FRC AURA : Fédération Régionale de la Chasse Auvergne-Rhône-Alpes
- FNE Auvergne-Rhône-Alpes : France Nature Environnement Auvergne-Rhône-Alpes
- Familles rurales : Union de consommateurs
- REFORA : Réseau écologique forestier de Rhône-Alpes
- CFPF de Châteauneuf du Rhône : organisme de formation aux métiers de la forêt et de l’environnement
- Parc Naturel Régional des Volcans d'Auvergne
- Comité Régional de la randonnée pédestre
- Chambre d'Agriculture Auvergne-Rhône-Alpes
